Finnagora on asiantuntija- ja välittäjäorganisaatio, joka toimii verkostomaisesti yhteistyössä eri toimijoiden kanssa. Finnagoran yhteistyökumppaneita ovat suomalaiset ja unkarilaiset kulttuurin, tieteen, koulutuksen sekä elinkeinoelämän toimijat, yritykset ja kansalaisjärjestöt.

Finnagora toimii myös tiiviissä yhteistyössä Suomen Budapestin suurlähetystön ja Finpron kanssa.